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| （５０音順リストはこちら） |
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（ ）内の数字は掲載本数 |
| 裸子植物 |
| ソテツ科（Cycadaceae） | ソテツ（１２） | ||
| イチョウ科（Ginkgoaceae) | イチョウ１（２５４） | イチョウ２（４７６） | |
| マツ科（Pinaceae) | クロマツ（５２） | アカマツ（６７） | アイグロマツ（１） |
| ゴヨウマツ（７） | ダイオウマツ（１） | ウラジロモミ（３） | |
| モミ（７１） | ヒメバラモミ（２） | ハリモミ（１） | |
| ツガ（９） | ヒマラヤスギ（１） | ||
| スギ科（Taxodiaceae) | スギ１（２９０） | スギ２（２１２） | スギ３（４１３） |
| スギ４（３３５） | スギ５（４５１） | コウヨウザン（８） | |
| コウヤマキ科（Sciadopityaceae) | コウヤマキ（１８） | ||
| ヒノキ科（Cupressaceae) | ビャクシン（３６） | ネズミサシ（１） | ヒノキ（３８） |
| サワラ（３９） | ネズコ（７） | アスナロ（４） | |
| ヒノキアスナロ（３） | ラクウショウ（３） | セコイア（２） | |
| メタセコイア（５） | |||
| マキ科（Podocarpaceae） | イヌマキ（２３） | ナギ（１３） | |
| イチイ科（Taxaceae) | イチイ（１４） | カヤ（１３９） |
| 被子植物 |
| ヤマモモ科（Myricaceae) | ヤマモモ（１７） | ||
| クルミ科（Juglandaceae) | オニグルミ（２） | サワグルミ（３） | |
| ヤナギ科（Salicaceae) | ポプラ（５） | オオバヤナギ（２） | シロヤナギ（２） |
| コゴメヤナギ（５） | シダレヤナギ（１０） | タチヤナギ（１） | |
| マルバヤナギ（８） | |||
| カバノキ科（Betulaceae） | ミズメ（１） | アサダ（４） | イヌシデ（７） |
| アカシデ（１） | |||
| ブナ科（Fagaceae) | ブナ（１３） | ウバメガシ（５） | クヌギ（１０） |
| アベマキ（９） | カシワ（９） | ミズナラ（９） | |
| コナラ（１５） | ミズコナラ（１） | ナラガシワ（６） | |
| イチイガシ（６３） | アカガシ（２８） | ハナガカシ（２） | |
| ツクバネガシ（１１） | オオツクバネガシ（２） | アラカシ（８） | |
| ウラジロガシ（１２） | シラカシ（１９） | クリ（２２） | |
| スダジイ（３３１） | ツブラジイ（１７） | ||
| ニレ科（Ulmaceae) | ムクノキ（２０１） | エゾエノキ（８） | エノキ（５４） |
| クワノハエノキ（１） | ケヤキ１（２３１） | ケヤキ２（２５１） | |
| ケヤキ３（２００） | ケヤキ４（３０５） | ハルニレ（１０） | |
| クワ科（Moraceae) | ヤマグワ（８） | アコウ（６３） | ガジュマル（１） |
| インドボダイジュ（１） | |||
| モクレン科（Magnoliaceae） | オガタマノキ（１５） | ホオノキ（６） | ハクモクレン（１） |
| コブシ（６） | ユリノキ（３） | ||
| クスノキ科（Lauraceae) | クスノキ１（４１１） | クスノキ２（４２９） | ヤブニッケイ（１） |
| タブノキ（１３７） | アオガシ（１） | シロダモ（１） | |
| カゴノキ（１６） | |||
| カツラ科（Cercidiphyllaceae) | カツラ（２１６） | ||
| マタタビ科（Actinidiaceae） | サルナシ（１） | ||
| ツバキ科（Theaceae） | ヤブツバキ（１０） | ウラクツバキ（２） | サザンカ（５） |
| ハルサザンカ（１） | チャノキ（１） | モッコク（１） | |
| ヒサカキ（１） | |||
| スズカケノキ科（Platanaceae) | プラタナス（２） | ||
| マンサク科（Hamamelidaceae） | イスノキ（６） | フウ（３） | |
| バラ科（Rosaceae) | ウメ（３） | イヌザクラ（３） | バクチノキ（２） |
| エドヒガン（２７８） | オオヒラザクラ（１） | コヒガンザクラ（１） | |
| ソメイヨシノ（５） | オオシマザクラ（１） | オオヤマザクラ（２） | |
| カスミサクラ（２） | ヤマザクラ（１４） | カリン（２） | |
| リンゴ（１） | オオズミ（１） | ミチノクナシ（５） | |
| ヤマナシ（８） | |||
| マメ科（Leguminosae) | サイカチ（２３） | エンジュ（７） | フジキ（４） |
| ハリエンジュ（２） | フジ（１８） | ||
| ユズリハ科（Daphniphyllaceae） | ユズリハ（１） | ||
| ミカン科（Rutaceae） | ハマセンダン（１） | カラスザンショウ（１） | キハダ（２） |
| センダン科（Meliaceae） | センダン（１９） | ||
| ウルシ科（Anacardiaceae） | チャンチンモドキ（１） | ハゼノキ（６） | |
| カエデ科（Aceraceae) | ハナノキ（４） | イロハモミジ（１５） | ヤマモミジ（１） |
| オオモミジ（２） | イタヤカエデ（７） | トウカエデ（１） | |
| メグスリノキ（３） | |||
| ムクロジ科（Sapindaceae） | モクゲンジ（３） | ムクロジ（２０） | |
| トチノキ科（Hippocastanaceae) | トチノキ（９０） | ||
| モチノキ科（Aquifoliaceae） | クロガネモチ（１５） | モチノキ（９） | タラヨウ（８） |
| ニシキギ科（Celastraceae） | マユミ（３） | ||
| クロウメモドキ科（Rhamnaceae) | ケンポナシ（５） | ナツメ（１） | |
| ホルトノキ科（Elaeocarpaceae) | ホルトノキ（１１） | コバンモチ（１） | |
| シナノキ科（Tiliaceae) | シナノキ（１４） | ボダイジュ（２） | マンシュウボダイジュ（１） |
| ブンゴボダイジュ（１） | オオバボダイジュ（３） | ||
| グミ科（Elaeagnaceae） | ナツグミ（１） | ||
| ミソハギ科（Lythraceae） | サルスベリ（３） | ||
| ミズキ科（Cornaceae） | クマノミズキ（１） | ミズキ（１） | |
| ウコギ科（Araliaceae) | ハリギリ（１１） | ||
| カキノキ科（Ebenaceae） | カキノキ（７） | ||
| モクセイ科（Oleaceae） | ヤチダモ（３） | トネリコ（１） | ヤマトアオダモ（１） |
| ヒイラギ（１９） | ヒイラギモクセイ（２） | シマモクセイ（１） | |
| キンモクセイ（２） | ギンモクセイ（２） | ウスギモクセイ（１） | |
| ムラサキ科（Boraginaceae） | チシャノキ（６） | ||
| スイカズラ科（Caprifoliaceae） | サンゴジュ（１） |
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